ec-cube(2系)はテンプレートエンジンにSmartyを使っているのでNetBeansではフレームワークSmartyを有効化しておけばよいのですが、smarty標準の区切り文字が違うので設定しておくと良いです。
むしろやっておかないとフォーマット整形をしたときに区切り文字に空白が入ってしまい、えらいことになってしまいます。
必要な設定
プロジェクトのプロパティから・フレームワーク→Smartyを開く
開始区切り文字 <!--{
終了区切り文字 }-->
未設定の失敗例
テンプレートにこのようなソースコードがあった場合
上記の設定をせずフォーマットに失敗してこうなる
（□は空白）
特にjavascript系の失敗は見た目では気づきにくいので注意が必要です。
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