phpをアップロードしても反映まで時間がかかるとき、こいつのキャッシュ機能のせいかもしれません。
OPcache（https://www.php.net/manual/ja/book.opcache.php）
実際にキャッシュされる設定になっているかはphpinfo()などでopcache.revalidate_freqを確認。
デフォルトの60になっていたら1にしちゃいましょう。
php.ini または.user.ini
; How often (in seconds) to check file timestamps for changes to the shared
; memory storage allocation. ("1" means validate once per second, but only
; once per request. "0" means always validate)
opcache.revalidate_freq=1変更後は再起動を忘れずに。
.user.iniは利用可能な環境ならば、ドキュメントルートに置いて5分ぐらい（設定時間）待てば反映されますが再起動なら即反映されます。
詳しい説明はここが参考になるかと。
PHP｜.user.iniってなんだろう
bitnamiの場合、再起動は
sudo /opt/bitnami/ctlscript.sh restart php-fpm
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